Hallo Heidi!
Hallo Andreas!
Willkommen im Donauforum. Gratulation zu eurem Plan. Er scheint durchaus realistisch zu sein, wie viel praktische Schlauchboot- bzw. Donauerfahrung habt ihr denn? Zu den vorher angesprochenen Fragen: Donaugebühr gibt es meines Wissens keine. Wenn eure Boote in Deutschland auf der Donau fahren dürfen, dann dürfen die das auf dem Rest des Flusses. Habt ihr eine Zulassung? Irgendein Dokument, das euch als Eigentümer ausweist, würde ich schon mitnehmen. Haftpflichtversicherung ist auch nicht zu verachten. Habt ihr Erfahrung mit den Schleusen? Das Schleusen ist eigentlich überhaupt keine Hexerei für ein Schlauchboot - Anweisungen der Schleusenwärter befolgen und eher im Oberhauptbereich festmachen. Wenn ihr keinen FS habt, dann würde ich zumindest die Lernunterlagen für den Binnenschein durcharbeiten. 
Zur Logistik: Was ist geplant? Campen oder Pension? Essensmässig braucht ihr keine Angst haben - Verhungern an der Donau ist nicht.
Da ich für April 2012 etwas Ähnliches vorhabe, könnte mein 
Blog für euch vielleicht hilfreich sein. Da findet ihr auch Links zu anderen Donaureisen und zu empfehlenswerter Literatur. Ich glaube 
diesen  Führer habe ich noch nicht erwähnt, praktisch, handlich und informativ. Die Donaukarten von http://www.verberght.be/vaarkaarten.php sind eher auf die Berufsschiffahrt zugeschnitten, aber ich habe sie für meinen Plan als ausgesprochen informativ in nautischen Belangen erlebt.
Mein letzter Tip klingt vielleicht blöd, aber denkt an Regen UND an 

nschutz. Ein Tag am Wasser ohne 

nschutz ist für Mitteleuropäer (selbst für dunklere Typen, wie ich einer bin) ein Garant für einen ausgewachsenen 

nbrand. Und dann so nebenbei - achtet darauf, ob euer Schlauchboot das 

nschutzmittel verträgt. (Nicht das Schlauchboot mit Nivea vor 

nbrand schützen 

 - aber manche 

ncremes greifen den Kunststoff an).
Wenns noch fragen gibt - einfach fragen. Mein Revier ist Tulln und Umgebung (Wachau bis Hainburg kenne ich ganz gut). Ich würde es überhaupt so machen, Menschen in den Foren gezielt ansprechen, was sie über ihre Heimatreviere zu erzählen haben. Schlauchbootforum 
blau und 
orange - aber das wurde eh schon vor mir geschrieben.
Viel Spass auf eurer Tour!